Cuyo campo fajado por color blanco y azul intenso, simboliza la identidad  espiritual y visión pedagógica de la Misericordia. Porta en el centro, un Isotipo, emblema de la Comunidad Educativa COLMIS, cuyo modelo de vida y aprendizaje está en María, la dulce Madre de las Misericordias. Rodeando el campo, un Pelicano, ave que alimenta a sus crías con su propia sangre, simbolizando a Jesucristo quien con su sangre nos rescató, redime y salva. De ahí la misión educativa del COLMIS, CRISTIFICARSE Y CRISTIFICAR toda la comunidad educativa, aprender a dar la propia vida para alimentar el hambre y sed de verdad, justicia y conocimiento de sus estudiantes. A la base, una cinta amarilla oro, que contienen los cuatro pilares de su modelo pedagógico –PEMIS-, a saber: Persona, Comunitariedad, Investigación y trascendencia